سیر علاوه بر طعم‌دار کردن غذا، فواید منحصربه‌فردی نیز دارد که نمی‌توانید از آن غافل شوید.
سیر به طور معمول برای درمان بسیاری از بیماری‌ها استفاده می‌شود؛ از سرماخوردگی و آنفلوانزا گرفته تا تب یونجه، فشار خون و کلسترول بالا، پروستات بزرگ شده، دیابت، استئوآرتریت، اسهال مسافرتی، پره اکلامپسی، بیماری قلبی، حمله قلبی و گرفتگی عروق.
همچنین از سیر برای جلوگیری از سرطان روده بزرگ، سرطان مقعد، سرطان معده، سرطان سینه، سرطان پروستات و سرطان ریه استفاده می‌شود.

برخی از مطالعات انجام شده روی سیر نشان می‌دهد که خوردن آن با معده خالی خاصیت طبیعی آنتی‌بیوتیکی این گیاه مفید را قوی‌تر می‌کند.
این باور وجود دارد که خوردن سیر قبل از صبحانه، باکتری‌ها را در معرض ویژگی‌های آنتی بیوتیکی سیر قرار داده و در نتیجه احتمال اینکه باکتری‌ها نابود شوند بیشتر خواهد شد.

سیر ماده‌ای شیمیایی به نام آلیسین تولید می‌کند که برای درمان برخی از بیماری‌ها مفید است. در واقع این آلیسین است که بوی خاص به سیر می‌دهد. وقتی سیر را با معده خالی می‌خورید، آلیسین راحت‌تر به باکتری‌ها دسترسی پیدا می‌کند و نتیجه‌ی بهتری برای درمان بعضی از بیماری‌ها دارد.

خیلی از افراد برای درمان فشار خون خود به طور مرتب از سیر استفاده می‌کنند. سیر علاوه بر اینکه برای گردش خون بسیار مفید است، جلوی بیماری‌های قلبی را می‌گیرد و به عملکرد مناسب کبد و مثانه کمک می‌کند.

سیر در درمان مشکلات معده مانند اسهال نیز مفید است. برخی از افراد ادعا می‌کنند با مصرف سیر با معده خالی، مشکلات عصبی‌شان تسکین پیدا می‌کند.

سیر درمان مؤثری برای بسیاری از مشکلات معده است بخصوص اینکه گوارش و اشتها را تحریک می‌کند. همچنین به کنترل استرس کمک می‌کند و جلوی تولید زیاد اسید معده را که اغلب وقتی مضطرب هستیم ترشح می‌شود، می‌گیرد.

سیر برای تقویت ایمنی بدن نیز مفید است، جلوی گزش حشرات را می‌گیرد و عفونت‌های قارچی و باکتریایی را درمان می‌کند.

سایر کاربردهای سیر شامل درمان تب، سرفه، سردرد، معده درد، گرفتگی سینوس‌ها، نقرس، روماتیسم، هموروئید، آسم، برونشیت، تنگی نفس، فشار خون پایین، قند خون پایین، قند خون بالا و نیش مار می‌شود.

از سیر برای مقابله با استرس و خستگی و حفظ عملکرد سالم کبد استفاده می‌شود.