غیبت حضرت مهدی علیه السلام اسرار نهفته فراوانی دارد، بلکه خود از اسرار الهی است; چنان که امام صادق علیه السلام در پاسخ شخصی که از سبب غیبت حضرت مهدی سۆال نمود، فرمود: «ان هذا الامر، امر من الله و سر من سر الله و غیب من غیب الله، و متی علمنا انه تعالی حکیم صدقنا بان افعاله کلها حکمه و ان کان وجهها غیر منکشف »؛ مساله غیبت از امور و از اسرار الهی، بلکه سر و غیب الهی است و چون ما می دانیم که خداوند سبحان حکیم است، تصدیق می کنیم که همه کارهای او حکمت است، گرچه دلیل آن بر کسی معلوم نگردد .

اما صاحب نظران و دین پژوهان بر اساس وظیفه علمی، که کشف حقایق و معارف الهی است، هر کدام به نوبه خود و بر اساس مبانی فکری خویش نکاتی درباره اسرار غیبت حضرت مهدی مطرح کرده اند که از آن میان، عارف حماسه آفرین و مصلح بزرگ قرن، حضرت امام خمینی، در این باره گفته است: «قضیه غیبت حضرت مهدی موعود، یک قضیه مهمی است که به ما مسائلی می فهماند; من جمله این که برای یک همچو کار بزرگی که در تمام دنیا عدالت به معنای واقعی اجرا شود، در تمام بشر نبود کسی، الا مهدی موعود – سلام الله علیه – که خدای متعال او را ذخیره کرده است برای بشر . هریک از انبیا آمد که اجرای عدالت در همه عالم بکنند، لکن موفق نشدند … اگر مهدی هم مثل سایر اولیا به جوار رحمت حق می رفتند، دیگر در بشر کسی نبود که این عدالت را [اجرا] بکند . این یک موجودی است که ذخیره شده برای یک همچو مطلبی .»

در کلام این بزرگ مرد الهی و عرفانی به طور کلی بر این نکته تاکید شده است که حضرت مهدی علیه السلام به عنوان ذخیره الهی در گنجینه غیبت نگاه داری می شود تا بر اساس حکمت بالغه حق سبحانه در روز مقرر، برای نجات بشر و پدید آوردن عدالت در تمام شئون وجودی عالم و آدم ظهور نماید و به آرزوهای تمام سفرای الهی در طول تاریخ، که شکوفایی درخت توحید و دالت بوده است جامه عمل بپوشاند و بشر را در مسیر حق و به سوی کمال مطلق رهنمون شود .

این از آن روست که بر اساس دیدگاه عرفا، حضرت مهدی علیه السلام رحمت عام الهی است; وقتی ظهور نماید اختلاف کثرت در سایه احکام وحدت از میان بر می خیزد; چنان که برخی از بزرگان اهل معرفت در این باره گفته اند: «چنان که به مظهریت اسم “الرحمن” خاتم انبیا رحمه للعالمین گشت، خاتم اولیا نیز مظهر رحمت عام، که رحمت رحمان است، گشت و سعادت دو جهان در مشایعت آن حضرت منحصر شود و اصول هر یک اساس قرار گیرد و اختلاف کثرت به حکم ظهور احکام وحدت از ما بین برخیزد; چنان که شیخ سعدالدین حموی فرمود: «لن یخرج المهدی حتی یسمع من شراک فعله اسرار توحید» ; مهدی ظهور نمی کند تا آن که حتی از بندهای کفن او اسرار توحید شنیده شود.»

مراد سعدالدین حموی آن است که چون حضرت مهدی علیه السلام آخرین حلقه سلسله منادیان توحید وظیفه همه انبیا و اولیا و عصاره عالم است، برای روزی ذخیره شده که بر اساس پیشرفت فکر زمینه پذیرش توحید در همگان به گونه ای به وجود بیاید که از همه پدیده های عالم ذکر توحید شنیده شود . در برخی از منابع دینی نیز از حضرت مهدی علیه السلام به ذخیره الهی یاد شده است; آن جا که فرمود: «… ذخیرک الله لنصره الدین و اعزاز المۆمنین »

در راستای این مساله که حضرت مهدی ذخیره عالم برای به وجود آوردن مدینه فاضله الهی و انسانی است که روزی تحقق خواهد یافت، برخی از بزرگان نکته ظریفی اظهار نموده و گفته اند: بشر از روزی که در بسیط زمین سکنی گزیده، پیوسته در آرزوی یک زندگی اجتماعی مقرون به سعادت به تمام معناست و به امید رسیدن به چنین روزی قدم بر می دارد و اگر این خواسته تحقق خارجی نداشت، هرگز چنین آرزو و امیدی در نهاد وی نقش نمی بست; چنان که اگر غذایی نبود، گرسنگی نبود و اگر آبی نبود، تشنگی تحقق نمی یافت و اگر تناسلی نبود، تمایل جنسی تصور نمی شد از این رو، به حکم ضرورت (جبر) آینده جهان روزی را در برخواهد داشت که در آن روز جامعه بشر پر از عدل و داد شده، با صلح و صفا همزیستی نمایند و افراد انسانی غرق در فضیلت و کمال شوند و رهبری چنین جامعه ای به دست منجی جهان مهدی موعود علیه السلام خواهد بود.