راه آهن خراسان جنوبی در ۳ سال گذشته هیچ اعتباری از بودجه کل کشور دریافت نکرده است.رئیس اداره برنامه و بودجه اداره کل راه و شهرسازی خراسان جنوبی گفت: اعتبار راه آهن خراسان جنوبی در قانون بودجه سال ۹۴، ۷ میلیارد تومان ، سال ۹۵، ۹ میلیارد و ۴۰۰ میلیون تومان و سال ۹۶ ، ۵ میلیارد و ۳۸۰ میلیون تومان مصوب شد که در این سه سال هیچ گونه اعتباری تخصیص نیافت. کاظم ولی پور مطلق افزود: در قانون بودجه سال ۹۷ هم اعتبار راه آهن خراسان جنوبی به ۵ میلیارد تومان کاهش پیدا کرده است.به گفته ولی پور ۵۵۰ میلیارد تومان اسناد خزانه در سال ۹۵ برای پرداخت مطالبات مشاور پروژه اختصاص یافت که ردیف جدایی بوده و به اعتبارات بودجه ای ربطی نداشته است.وی با اشاره به اینکه مجری راه آهن خراسان جنوبی شرکت ساخت و توسعه زیربنای حمل و نقل کشور است گفت: استاندار، اخیرا در شورای برنامه ریزی استان، ۲۰ میلیارد تومان از اعتبارات استانی را به راه آهن اختصاص داد که در نامه ای به شرکت زیرساخت و توسعه حمل و نقل کشور از آنان خواسته شد قطعه ای از مسیر راه آهن در خود استان به مناقصه گذاشته و این اعتبار در همین استان صرف شود. تاکنون مناقصه قطعه اول راه آهن خراسان جنوبی به طول ۴۷ کیلومتر از ایستگاه یونسی به سمت بیدخت گناباد که در حوزه خراسان رضوی است انجام شده و پیمانکار اعلام کرده که به زودی عملیات اجرایی آن را آغاز می کند.این قطعه با اعتبار ۵۷ میلیارد تومان قرار است در مدت ۳ سال زیرسازی شود و پس از آن عملیات ریل گذاری آغاز می شود.مدیر کل راه و شهرسازی استان پیش از این در گفتگو با خبرگزاری صدا و سیما گفته بود قطعه دوم این مسیر به طول ۲۳ کیلومتر از بیرجند به سمت قاین آماده واگذاری به پیمانکار است که به دلیل محدودیت های مالی هنوز مناقصه آن برگزار نشده است.طول مسیر راه آهن زاهدان – بیرجند – گناباد – بجستان ۷۲۰ کیلومتر است که برای اجرای آن ۲ هزار میلیارد تومان نیاز است.